| Федеральные казенные учреждения |
| 1. Федеральное казенное учреждение «Дирекция государственного заказчика программ развития морского транспорта» |
| 2. Федеральное казенное учреждение «Речводпуть» |
| 3. Федеральное государственное учреждение по обеспечению исполнения функций уполномоченного Российской Федерации по Сайменскому каналу |
| 4. Федеральное государственное казенное учреждение «Администрация Северного морского пути» |
| Федеральные бюджетные учреждения |
| 1. Федеральное бюджетное учреждение «Администрация бассейна Азово-Донского бассейна внутренних водных путей» |
| 2. Федеральное бюджетное учреждение «Администрация Амурского бассейна внутренних водных путей» |
| 3. Федеральное бюджетное учреждение «Администрация Беломорско-Онежского бассейна внутренних водных путей» |
| 4. Федеральное бюджетное учреждение «Администрация Волго-Балтийского бассейна внутренних водных путей» |
| 5. Федеральное бюджетное учреждение «Администрация Волго-Донского бассейна внутренних водных путей» |
| 6. Федеральное бюджетное учреждение «Администрация Волжского бассейна внутренних водных путей» |
| 7. Федеральное бюджетное учреждение «Администрация Енисейского бассейна внутренних водных путей» |
| 8. Федеральное бюджетное учреждение «Администрация Камского бассейна внутренних водных путей» |
| 9. Федеральное бюджетное учреждение «Администрация Ленского бассейна внутренних водных путей» |
| 10. Федеральное бюджетное учреждение «Администрация Обского бассейна внутренних водных путей» |
| 11. Федеральное бюджетное учреждение «Администрация Северо-Двинского бассейна внутренних водных путей» |
| 12. Федеральное бюджетное учреждение «Администрация Печорского бассейна внутренних водных путей» |
| 13. Федеральное бюджетное учреждение «Администрация Обь-Иртышского бассейна внутренних водных путей» |
| 14. Федеральное бюджетное учреждение «Администрация Байкало-Ангарского бассейна внутренних водных путей» |
| 15. Федеральное государственное бюджетное учреждение «Канал имени Москвы» |
| 16. Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Государственный университет морского и речного флота имени адмирала С.О. Макарова» |
| 17. Федеральное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Морской государственный университет имени адмирала Г.И. Невельского» |
| 18. Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Государственный университет имени адмирала Ф.Ф. Ушакова» |
| 19. Федеральное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Московская государственная академия водного транспорта» |
| 20. Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Волжская государственная академия транспорта» |
| 21. Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Сибирский государственный университет водного транспорта» |
| 22. Федеральное государственное бюджетное учреждение «Учебно-методический центр на морском и речном транспорте» |
| 23. Федеральное государственное бюджетное учреждение «Администрация морских портов Балтийского моря» |
| 24. Федеральное государственное бюджетное учреждение «Администрация морских портов Сахалина, Курил и Камчатки» |
| 25. Федеральное государственное бюджетное учреждение «Администрация морских портов Охотского моря и Татарского пролива» |
| 26. Федеральное государственное бюджетное учреждение «Администрация морских портов Приморского края и Восточной Арктики» |
| 27. Федеральное государственное бюджетное учреждение «Администрация морских портов Западной Арктики» |
| 28. Федеральное государственное бюджетное учреждение «Администрация морских портов Черного моря» |
| 29. Федеральное государственное бюджетное учреждение «Администрация морских портов Азовского моря» |
| 30. Федеральное государственное бюджетное учреждение «Администрация морских портов Каспийского моря» |
| 31. Федеральное бюджетное учреждение «Служба морской безопасности» |
| 32. Федеральное бюджетное учреждение «Морская спасательная служба Росморречфлота» |
| 33. Федеральное бюджетное учреждение подводно-технических, аварийно-спасательных и судоподъемных работ на речном транспорте «Подводречстрой» |
| 34. Федеральное государственное бюджетное учреждение «Главный центр связи и спутниковых систем» |
| 35. Федеральное государственное бюджетное учреждение «Спасательно-координационный центр Росморречфлота» |
| 36. Федеральное бюджетное учреждение «Музей морского флота» |